Kommissionen er ’politisk uafhængig’, og kommissærerne arbejder for EU’s interesser, og må derfor ikke handle på baggrund af deres hjemlands interesser. Kommissionen repræsenterer EU i internationale sammenhænge og har til ansvar at forhandle nye aftaler med tredjelande og internationale organisationer. Derudover er det Kommissionen der fremlægger og gennemfører EU’s årlige budget.  

Medlemsstaterne indstiller selv en kommissær, hvorefter det er Kommissionsformanden og Ministerrådet der, på baggrund af denne indstilling, udnævner de nye kommissærer. Indstillingen af nye kommissærer er derfor, ofte præget af nationale og partipolitiske interesser. Efter kommissærens udnævnelse, er det Kommissionsformanden, der udvælger fagområder til de enkelte kommissærer, på samme måde som regeringschefen udvælger ministre til forskellige fagområder på nationalt plan. Den nuværende Kommissionsformand (2019-2024) er tyske Ursula von der Leyden.  

Kommissionen er organiseret i Generaldirektorater, (GDer) der fungerer som politiske afdelinger. De ledes hver især af en General Direktør og arbejder med forskellige politiske områder. Nogle af de Generaldirektorater der arbejder med klima- og miljødagsordenen er: GD CLIMA (klima), GD ENVI (miljø), GD AGRI (landbrug), GD ENER (energi) og GD MOVE (mobilitet og transport).  

Da det er Kommissionen der har retten til at fremsætte lovforslag i EU, kan de selv udarbejde nye lovforslag indenfor rammerne af EU-traktaterne, men de kan også få input og forslag til lovgivning fra virksomheder, organisationer mv. Desuden forsøger paneuropæiske NGO’ere og interesseorganisationer også at påvirke EU-lovgivningen. Nye tiltag og lovgivning udvikles også med udgangspunkt i konkrete politiske prioriteringer, der opstilles for den aktuelle Kommission. Forslag til ny lovgivning kommer, ligesom national lovgivning, i høring i medlemsstaterne hos myndigheder, NGO’ere, interesseorganisationer mv. Kommissionen vedtager beslutninger som én samlet enhed, hvilket vil sige, at hele Kommissionen er ansvarlig for det der vedtages. 

Den nuværende Kommission har fremsat seks prioriteter for perioden 2019-2024, der arbejder med hvert deres politiske område. En af disse prioriteter er ’En europæisk grøn pagt’ der har ambitioner om, at Europa skal være det første klima-neutrale kontinent og derfor arbejder med emner indenfor klima- og miljødagsordenen. En europæisk grøn aftale har syv kommissærer tilknyttet, der arbejder med forskellige emner såsom Transport, Energi, Landbrug mv. 

Konkret på miljøområdet har den nuværende Kommission en kommissær for ‘Miljøet, havene og fiskeriet’  (Virginijus Sinkevičius fra Litauen), mens klima og klimaforandringer hører under Kommissionens vicepræsident, Frans Timmermans, der officielt har titel af Kommisær for EU’s grønne pagt.